医院是消毒机应用最广泛的地方。作为一个拥挤的地方，医院治疗的疾病抵抗力低于普通人。其中一些是通过空气、物体表面和医疗器械传播来控制的。空气消毒是预防医院感染的重要措施。
过去，医院的空气消毒主要是紫外线。随着物理、机械、化工等行业技术的进步，臭氧空气消毒器、循环风紫外线空气消毒器、静电吸附空气消毒器等空气消毒器也得到了广泛的应用。目前，越来越多的国际清洁手术室进入医院，已成为我国二级以上医院手术室空气净化消毒的主要手段。
根据不同清洁水平的设计要求，洁净手术室采用循环和初始效果、中等效果和高效过滤，通过有效减少空气中的粉尘颗粒和微生物，达到消毒的目的。目前，医院清洁手术室的普及率很高。在保证日常清洁和滤网更换的前提下，清洁效果相对可靠。
除医院、机场、火车站、汽车站、地铁、码头、大型港口等拥挤的公共场所、大型体育应用场所、训练场所外，由于空间相对封闭，空气消毒非常必要；生物制药、食品生产、洁净室等，这些地方对生产过程中的空气质量要求很高，也会选择一些消毒产品进行空气消毒净化。
医用空气消毒机
物理因子类空气消毒机
使用静电吸附、过滤技术和紫外线杀死或去除空气中的微生物，如静电吸附空气消毒器和高效过滤器（HEPA），紫外线空气消毒器等。
化学因子类空气消毒机
如二氧化氯空气消毒器、臭氧空气消毒器、过氧化氢空气消毒器等，臭氧空气消毒器产生的臭氧是已知的最强氧化剂之一，仅次于氟，具有较强的杀菌能力。在室内空气中臭氧弥漫快而均匀，消毒无死角。同时臭氧不稳定，常温下可自行还原为氧气，不污染环境。
其他因子的空气消毒机
如等离子体空气消毒机、光触媒空气消毒机等。
